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是日，吞吐海港城陷入突然危机，吞吐高铁、跨海大桥等交通要道突发连环爆炸，吴英雄在追索嫌凶过程中与东区分局刑事侦查组刑警陈真（林更新饰）结为搭档，又再度重逢被逼做人肉炸弹的通缉犯徐达夫（黄渤饰）。重案组刑警吴英雄（赵又廷饰）在拯救客机后成为警界明星，端午大兴出演各种警队宣传片风光无两。

吴英雄和陈真为解救徐达夫妻子杜小晴（关颖饰）并阻止枯草计划，假期机场与鉴识官蓝西英（张钧甯饰）、假期机场黑鹰队成员黄世楷（修杰楷饰）等人向夜行者发起挑战。原来，共计一号为夜行者的神秘组织绑架了徐达夫等通缉犯的家属，共计逼迫他们作为人肉炸弹将海港城通向外界的各通路炸毁，使海港城变为孤城，以释放生化病毒，执行毁灭城市的枯草计划